Sommarjobb: Summer Worker – CoSAXS Beamline, Lund/ MAX IV

Rollen innebär ett 8-veckors sommarstudentprojekt vid CoSAXS beamline på MAX IV med fokus på att implementera SAXS-analys-skript i SasView.

SAXS används för att studera strukturer hos biologiska makromolekyler i lösning. I komplexa system kan mätprofiler vara blandningar av flera komponenter, vilket gör tolkning utmanande. Projektet använder multivariat kurvupplösning (MCR-ALS) för att dekomponera synchrotron SAXS-data.

Uppgiften är att omvandla befintlig MATLAB-implementation av MCR-ALS till Python på ett sätt som är kompatibelt med SasView. Arbetet innefattar även att integrera funktionaliteten i SasView:s arbetsflöden och användargränssnitt, samt att testa och validera mot referensresultat.

Huvudsakliga arbetsuppgifter

Studera befintlig MATLAB-kod och förstå MCR-ALS-flödet, översätta och implementera i Python kompatibelt med SasView, undersöka integration i SasView:s analysflöde och gränssnitt, testa och validera mot MATLAB-resultat, dokumentera och ta fram exempel, samt presentera status och resultat för teamet vid projektets slut.

Förväntade resultat

En fungerande Python-prototyp för MCR-ALS i SasView, initial validering mot MATLAB-referenser, tydlig dokumentation av metod, implementation och begränsningar samt rekommendationer för fortsatt utveckling och integration i SasView.

Krav

Pågående universitetsstudier inom fysik, tillämpad matematik, datavetenskap, ingenjör eller relaterat, erfarenhet av Python, god förståelse för numeriska metoder och vetenskaplig dataanalys, förmåga att läsa och förstå befintlig vetenskaplig kod (inklusive MATLAB), samt att kunna arbeta självständigt och kommunicera progress tydligt med handledare.

Meriterande

Kunskap om NumPy, Matplotlib och PyQT, erfarenhet av MATLAB, kunskap om linjär algebra, optimering eller multivariat analys, intresse för dataanalysmetoder i fysik, kemi eller material, samt erfarenhet av versionshantering (Git/GitHub). Kännedom om SAXS eller närliggande experimentell dataanalys är ett plus.

Projektet ger praktisk erfarenhet av vetenskaplig mjukvaruutveckling i forskningsmiljö och möjlighet att bidra till ett open-source-projekt som används av scattering-communityn, samt nära samarbete med forskare och mjukvaruutvecklare vid MAX IV.